Secondo la mitologia, l'isola di Miconos nacque dai corpi pietrificati dei giganti uccisi da Ercole. Il suo nome lo deve all'eroe Miconos. I primi abitanti dell'isola provenivano da Creta e dalla Fenicia , ma più tardi, nel 9o secolo a.C., vi si stabilirono gli Ioni da Atene.

All'inizio, l'isola aveva due capitali, quella odierna e Panormo, sulla parte settentrionale. Dopo le guerre persiane, l'isola conobbe un periodo di decadenza economica ed in seguito, insieme alle altre isole Cicladi, fu conquistata prima dagli Spartani, poi dai Macedoni, dagli Egiziani ed infine dai Romani.

Durante gli anni di Bisanzio, Miconos apparteneva ufficialmente alla circoscrizione amministrativa dell'Egeo; durante il Medioevo fu conquistata dai Franchi, più tardi da Barbarossa ed infine dai Turchi. In seguito, l'isola si impose come una grande potenza marititma e covo di pirati. Gli abitanti dell'isola parteciparono attivamente alla Rivoluzione greca ed alla liberazione dai Turchi.