Selon la mythologie, Mikonos a été crée par les corps des géants qui ont été transformés en pierre après leur mise à mort par Héraclès et l' île a pris son nom par le héros Mikonos.

Les premiers habitants de l' île sont venus de Crète et de la Phénicie mais plus tard, au IX siècle, l' île a été habité par les Ioniens, venus d' Athènes. Au début, l' île avait deux capitales, la capitale d' aujourd'hui et Panormos à la côté nord. Après les guerres Persiques, l' île a tombé en déclin économique et plus tard, avec le rest des îles des Cyclades, a été conquise par les Spartiates, plus tard par les Macedoniens, les Egyptiens et finalement par les Romains.

A l' époque Byzantine, Mikonos faisait officielement part de la région adminsitrative de la Mer Egée, au Moyen Age a été concquise par les Francs, puis par le pirate Barberousse et finallement par les Turcs. Plus tard, l' île a evolué en une force marine importante et a été transformé en abri des pirates. Ses habitant ont participé de facon active à la Revolution Grecque et à la liberation des Turcs.