Der Mythologie nach, Mykonos wuerde aus den versteinten Koerper der Giganten, die Hercules ums Leben gebracht hat, erschafft, ihren Namen bekamm sie von dem Held namens Mykonos.

Die erste Inselbewohner kamen aus Kreta und Finiki und spaeter, im 9ten Jahrhundert, liessen sich die Iones aus Athen auf die Insel nieder. Anfaenlich hatte die Insel zwei Hauptstaette und zwar die heutige und Panormos, die an der noerdlichen Seite der Insel liegt.

Nachdem die persischen Kriege endeten, lernte die Insel einen finanziellen Verfall kennen und spaeter, was mit dem Rest der Kykladen auch passierte, wuerde Mykonos zuerst von den Mazedonen, dann von den Egypten und am Ende von den Roemern erobert. In den byzantinischen Zeiten Mykonos gehoere offiziell im Bezirk des Aegaeischen Meeres, im Mittelalter wuerde sie von den Franken beherrscht, spaeter von Barbarosa und letzlich von den Tuerken.